Danh sách các liên kết trong nước trên Công cụ Quản trị Trang web của Google thường lớn hơn nhiều so với danh sách các liên kết trong nước có thể được phát hiện bằng cách sử dụng liên kết: truy vấn tìm kiếm example.com trên Google. Google nhầm lẫn về sự khác biệt. Danh sách trên Công cụ Quản trị Trang web của Google bao gồm các liên kết nofollow không chuyển tải cơ chế tối ưu hóa công cụ tìm kiếm tới trang được liên kết. Mặt khác, danh sách liên kết được tạo ra với liên kết: truy vấn kiểu example.com được Google coi là các liên kết "quan trọng" theo cách gây tranh cãi.

Công cụ quản trị trang web của Google, cũng như chỉ mục của Google, dường như thường bỏ qua spam liên kết. Khi một lần xử phạt bằng tay đã bị xóa, Công cụ Quản trị Trang web của Google sẽ vẫn hiển thị hình phạt cho 1-3 ngày khác. Sau khi đổi thương hiệu Bảng điều khiển Tìm kiếm của Google, thông tin đã được tạo ra cho thấy Google Search Console tạo điểm dữ liệu không tương thích với Google Analytics hoặc dữ liệu xếp hạng, đặc biệt trong thị trường tìm kiếm địa phương.